</body>タグの直前に埋め込むことが推奨されてますが、<head>の中に書いた方がいい場合もあります。

そもそもなぜ</body>タグの直線に埋め込むのか

</body>タグの直線ということは、ほぼHTMLの内容を読み込んだ最後にこのトラッキングコードを読み込むということになります。最後に読み込むことで、ほぼすべてのHTML情報が表示されてからトラッキングコードが呼び出されるので、

  1. 万が一このトラッキングコード(ga.js)に不具合があってエラーががでても、サイトのHTML情報はすべて表示される。
  2. 情報がきちんと表示されてからログを取得できる。

などがあると思います。

基本</body>前だけど、<head>内にトラッキングコードを設置しなきゃならない場合も

google analyticsのトラッキングコード ga.js

google analyticsのトラッキングコード ga.js

上で書いたように基本は</body>タグ内に設置すれば間違いありません。ただし、より高度な使い方をする際、いくつかのケースで</body>タグ直前に埋め込むのではうまく機能しない場合があります。
例えば、複数のドメイン間でトラッキングを行いたいとき使う_link()や_linkByPost()を使う場合。
ページが読み込まれた際、これら_link()や_linkByPost()がトラッキングコードのga.jsにて、最初の定義データとして必要なことから、これら追加コードは<head>内にに埋め込みます。
また最近ではめっきり見かけなくなったフレームを使ったサイトの場合も、head内に埋め込むことが推奨されてます。
あとは、ga.jsと他のjavascriptがバッティングしてうまくga.jsが機能しないような場合は、ga.jsを一番最初に読み込ませることで回避するとケースも。

まとめ:
Google Analyticsのトラッキングコード(ga.js)は、基本的に</body>前に置こう。
ただし、より高度な使い方をするときや、他のjavascriptと併用するときなどは、場合に応じて<head>に置くこともお忘れなく。